Gon Freecss, un ragazzo di dodici anni, vive sull’Isola Balena con la zia Mito, che lo ha cresciuto come una madre. Un giorno, Gon incontra Kaito, un hunter professionista, che gli rivela che suo padre Ging, che Gon non ha mai conosciuto, è vivo ed è uno degli hunter più straordinari al mondo. Determinato a trovarlo, Gon decide di partecipare all’esame per diventare hunter.
Durante l’esame, Gon stringe profonde amicizie con altri aspiranti hunter: Leorio, che aspira a guadagnare abbastanza soldi per diventare un medico chirurgo; Kurapika, determinato a vendicare il massacro del suo clan; e Killua, un talentuoso dodicenne proveniente dalla temuta famiglia di assassini Zoldick, che vede l’esame come una semplice sfida personale. Superato l’esame, i quattro amici prendono strade diverse per perseguire i propri obiettivi, imparando nel frattempo a padroneggiare il Nen, una tecnica che consente di manipolare l’aura, indispensabile per un vero hunter.
Killua decide di unirsi a Gon nella sua ricerca del padre, trovando in lui l’amico che aveva sempre cercato. I due, dopo alcune avventure, si riuniscono con Leorio e Kurapika a York Shin City, dove si trovano a scontrarsi con la Brigata Fantasma, un’organizzazione criminale responsabile dello sterminio del clan di Kurapika. Successivamente, Gon e Killua partecipano a Greed Island, un raro videogioco creato appositamente per gli hunter, che si rivela essere un ulteriore indizio sulla posizione di Ging. Terminato il gioco, i ragazzi incontrano di nuovo Kaito, che li coinvolge in una nuova missione.
Insieme a Kaito, Gon e Killua si ritrovano a investigare sulle formichimere, una razza di insetti letali in grado di ibridarsi con altre specie e sviluppare forme umanoidi. Durante questa missione, affrontano terribili sfide per fermare l’espansione della minaccia, collaborando con alcuni tra i più esperti membri dell’associazione hunter. Tuttavia, la battaglia raggiunge il culmine quando il presidente dell’associazione, Netero, è costretto a sacrificarsi per sconfiggere il re delle formichimere.
Nel caos che segue, Gon, ormai profondamente segnato dalle sue esperienze, riesce finalmente a incontrare suo padre Ging. Scopre che il padre sta pianificando un viaggio verso il Mondo Esterno, un continente misterioso e inesplorato oltre i confini del mondo conosciuto. Gon decide così di intraprendere questa nuova avventura per seguire le orme di suo padre e affrontare l’ignoto.